学院现座落于北京中轴路中段西侧黄寺大街西黄守内。西黄寺始建于公元１６５２年（清顺治九年），是清世祖为接待进京朝觐的第五世达赖喇嘛而修建的。公元１７８０年（乾隆四十五年），第六世班禅大师东行为乾隆皇帝祝寿，来京后曾下榻于西黄寺，后因染天花不幸在此圆寂。乾隆在西黄寺西侧敕建清净化城塔及清净化城塔院，以志殊胜因缘。塔内藏经咒衣履，塔前东侧有汉、满、蒙、藏四体合壁碑，西侧为乾隆御笔《写寿班禅圣僧并赞》碑。
学院课程设置主要是佛教经典和藏传佛教各派理论，包括《入菩萨行论注疏》、《现观庄严论疏》、《喻法论·聚宝》、《兰色手册》、《蒙藏佛教史》、
《宗教仪轨》、显密传承以及宁玛、噶举、萨迦、格鲁各派源流。还有《藏文文 法修辞》、《汉语文》、《时事政策》、《法律法规》、《寺庙管理》等课程。
学院教学方式一改已在传统的经院式教学为现代学院式教学和管理，是藏传佛教教学方式上的一大创举。学院现设有教务处、藏传佛教研究室、院办公室、总务处等机构。学制根据所学专业和学员基础水平定为二至三年，在培养大专生的基础上逐步向培养本科生、研究生方向发展。
学员主要是来自西藏、青海、四川、甘肃、云南藏族地区和内蒙古、辽宁、新疆等蒙族地区的藏传佛教转世活佛（也有少部分学僧）。至１９９９年６月，共有七届大专班２５０多人完成学业毕业，在各自的岗位上发挥着应有的作用。
